Descrição da Baía Toda a área da baía se encontra dentro do limite da Reserva Ecológica Nacional (REN), que se encontra ao abrigo do Decreto-Lei 93/90 de 19 de Março e que interdita as operações de loteamento, escavações, destruição do coberto vegetal em estuários, lagunas, zonas costeiras, zonas húmidas adjacentes e faixas de protecção.
Como já foi referido, a Baía de Setúbal pertence ao Estuário do Sado, que apresenta uma orientação SE – NW com curvatura acentuada, margens baixas e alagadiças e extensas zonas de sapal
. Toda a orla costeira é caracterizada por uma beleza natural e riqueza faunística e florística, em especial a Baía do Portinho da Arrábida onde se encontra a Pedra da Anixa, considerada Reserva Zoológica.